Temas relacionados con el Medio Ambiente

TAXONOMIA NUMÉRICA

CLÁSICA
Caracteres fenotípicos (morfología, nutrición, etc.)
Algunos genotípicos: % G+C, hibridación ADN-ADN
Ponderación de caracteres (llaves dicotómicas)

- Características fenotípicas clásicas de valor taxonómicoCaracterísticas fenotípicas clásicas de valor taxonómico

Morfología: forma, tamaño y tinción
Nutrición y fisiología: fotótrofo, quimiótrofo, aerobio o anaerobio, temperatura y pH óptimos, fuentes alternativas de C, N y SMovilidad: tipo y disposición de flagelos

Otros: pigmentos, inclusiones celulares, sensibilidad a antibióticos, patogenicidad

- Características genotípicas clásicas
............Contenido G+C

% G+C = G + C x 100
G + C + A + T
determinación por gradiente de CsCl, desnaturalización térmica o cromatografía
Amplio rango en procariotas: 20 al 80%
Poca información para la caracterización taxonómica

Criterio de exclusión: %GC > 3, probablemente especies diferentes
%GC > 10, probablemente géneros diferent
..............Hibridación ADN-ADN
- depende de la secuencia completa del genoma
- útil en organismos estrechamente relacionados- determinación por:
% hibridación de ADN1 - ADN2
Δ Tm del híbrido
- es el criterio actual de definición de especie


TAXONOMIA NUMÉRICA
Agrupación de unidades taxonómicas o taxones por métodos numéricos
Se basa en un gran número de caracteres
Cada carácter tiene igual pesoLa similitud es función de la proporción de caracteres comunes

- caracteres fenotípicos (no menos de 60)
- coeficiente de semejanza = a + d .
a + b + c + d

a: número de caracteres positivos en ambas cepas
b: número de caracteres positivos sólo en cepa 1
c: número de caracteres positivos sólo en cepa 2
d: número de caracteres negativos en ambas cepas

ESQUEMAS DETERMINATIVOS

Shewan y col. propusieron un esquema determinativo para identificar a la mayoría de bacterias aisladas de ambientes marinos.
Ventaja: emplea un corto número de pruebas bioquímicas, morfológicas, culturales, tintoriales y de sensibilidad a antimicrobianos, razón por lo cual ha ganado mucha aceptación.
Esquemas taxonómicos para bacterias marinas de Oliver (1982), Sawabe et al. (1995) y Jensen y Fenical (1995).


Identificación por Taxonomía numérica SNEATH: El camino más lógico para identificar bacterias es comparar los promedios de similaridad de los microorganismos, aplicando el principio adansoniano (igual peso a cada carácter).
Desde entonces varios investigadores han empleado la Taxonomía Numérica para el estudio de cepas marinas. Lamentablemente esta técnica tiene sus desventajas:
Uso de cepas de referencia que generalmente han sido identificadas por métodos clásicos
Empleo de mucho tiempo y esfuerzo: se recomienda estudiar no menos de 80 características
La necesidad de estudiar numerosas cepas: más de 100
La influencia del investigador en la selección de las características y en la interpretación de resultadosNo contempla la variación (no es filogenética)
Identificación por Taxonomía numérica

Porcentaje de similitud (S%) = N S x 100 N S + N dN S = número total de características positivas
N d = número total de características diferentes
Los resultados son expresados em una matriz
TAXONOMIA POLIFASICA
Considera:
% de Guanina – citocina
Número de bases
Serotipificación
InmunoelectroforesisProporción de DNA y RNAContenido de nitrógeno
Pruebas de antibiosis: Frente a bacterias patógenas de peces y moluscos

TAXONOMIA MOLECULAR

TECNICA DE PCR



PRESERVACION DE CULTIVOS:

- Considerar carácter mortal de los cultivos frescos de bacterias:

- Resiembra periódica a medios frescos:
Las bacterias se pueden mantener en tubos de medio en los que han sido cultivados mediante pasos periódicos a medios frescos.
Los intervalos de resiembra varían con el tipo de microorganismo
Tener en cuenta: el medio de cultivo apropiado, la temperatura propia para mantener los cultivos, y el tiempo de resiembras.
- Liofilización: es muy eficaz, sobreviven por más de 10 años
- Caldo glicerol a – 29 °C ( sobreviven 2 años aproximadamente)
o dimetil sulfóxido
- Preservación de cultivos con capa de aceite mineral:
Muchas bacterias se preservan bien cubriendo el agar en que están creciendo con aceite mineral estéril. Algunas especies se han conservado durante 15 o 20 años.